Superfast-gen-Sequenzierung hilft bei der diagnose kritisch kranker Patienten

In einer Analyse der realen Auswirkungen einer bahnbrechenden test genannt metagenomische next-generation-sequencing (mNGS), entwickelt von UCSF Wissenschaftler zu diagnostizieren Patienten mit mysteriösen entzündlichen neurologischen Erkrankungen, die Technik, die gezeigt wurde, um Infektionen erkennen, besser als jede standard-klinische Methode.

„Die infektiöse Ursache der Hälfte der Fälle von meningitis und Enzephalitis gehen unerkannt in Krankenhäusern um das Land, und diese schwer Kranken Patienten, benötigen dringend ein besseres Test-tool“, sagte Charles Chiu, MD, Ph. D., professor von Labormedizin und von Medizin an UCSF und senior-Autor der neuen Studie. Im Gegensatz zu herkömmlichen Tests, die oft getrieben von ärzten Ahnungen, die mNGS-test bietet eine unvoreingenommene Herangehensweise kann erkennen, dass fast alle möglichen Krankheitserreger—Bakterien, Viren, Pilze und Parasiten—präsentieren bei Patienten, Rückenmark-Flüssigkeit, den ärzten klare Richtung für die Behandlung.

Die Studie, veröffentlicht Juni 13, 2019 die im New England Journal of Medicinewurde gegründet, um das registrieren nur die schwierigsten Fälle. Um sich zu qualifizieren, ein patient musste ins Krankenhaus mit einem akuten neurologischen Erkrankung keine schlüssige Diagnose. Die Studie umfasste 204 pädiatrischen und Erwachsenen Patienten, meist aus Kalifornien, der hatte meningitis (Entzündung der Auskleidung um das Gehirn), Enzephalitis (Entzündung des Gehirns selbst) oder myelitis (Entzündung des Rückenmarks).

Der test fand viele der gleichen Infektionen identifiziert, die durch herkömmliche Labor-Testmethoden, die in der Regel Aussehen für Krankheitserreger ein zu einer Zeit, und verlangen, dass ärzte wissen, was Sie suchen, um erfolgreich zu sein. Aber es fand auch 13 Infektionen, die übersehen wurden, die von allen gängigen tests, wie ein Fall von Infektion von St. Louis-Enzephalitis-virus, die vorher nicht gesehen worden, die in Kalifornien seit 1986 in Betrieb. Und in mehr als der Hälfte dieser Fälle, die mNGS Diagnose unverzichtbar war die Führung durch die Behandlung dieser Patienten. In einem Fall von hepatitis E-virus-Infektion, die verpasst wurde, die durch herkömmliche Tests, die erfolgreich mNGS Diagnose wahrscheinlich verschont die Patienten müssen sich einer Leber-Transplantation.

„Die mNGS-test ist in der Regel bestellt, wie ein test der Letzte Ausweg, und wir am Ende der Einschreibung die schwierigsten Patienten zu diagnostizieren“, sagte Chiu, Direktor des UCSF-Abbott Virale Diagnostik und Discovery Center. „Alle konventionellen Mikrobiologie tests, die kombinierte Ausbeute Diagnosen in weniger als 50 Prozent dieser Patienten. Wir haben gezeigt, dass ein einzelner test—mNGS—kann einen wichtigen dent in dieser Zahl.“

In allem, der test identifiziert 32 Infektionen des Nervensystems bei 31 Patienten. Zusätzlich zu den 13 Diagnose durch mNGS nur, die neue Technologie bestätigt 19 Infektionen, die hatte auch diagnostiziert worden, die durch herkömmliche tests.

Weniger als die Hälfte der meningitis und der Enzephalitis-Fälle werden durch Infektionen verursacht. Die meisten der übrigen sind die Folge von Autoimmun-Reaktionen, in denen der patient den eigenen Körper attackiert das Nervensystem. Die beiden Bedingungen erfordern sehr verschiedene Behandlungen, doch ist die Unterdrückung Immunität in einem Patienten mit einer Infektion, die schädlich sein können, und die Verabreichung von Antibiotika in einem Fall von Autoimmun-Krankheit ist ineffektiv und unnötig fördern Antibiotikaresistenz—so das erste, was ein Arzt wissen muss, um bei der Behandlung solcher Patienten ist die Kategorie der entzündlichen Erkrankung Sie haben.

„Patienten mit infektiöse und nichtinfektiöse Enzephalitis kann klinisch nicht zu unterscheiden von einem anderen“, sagte Michael Wilson, MD, außerordentlicher professor von Neurologie an UCSF und co-erste Autor des Papiers, zusammen mit dem Koordinator der Studie Hannah Probe. „Mit einem breit angelegten test, der entweder Regeln Infektion oder Regeln Infektion kann wirklich Hilfe in diesen Fällen, die in Grauzonen zwischen Infektion und nicht.“

Der neue test ist nicht perfekt, jedoch, und es waren 26-Infektionen konnte es nicht diagnostizieren. In der Mehrheit dieser Fälle, die DNA aus der Erreger wurde nicht in der Rückenmarksflüssigkeit, erfordern die Analyse einer anderen Probe geben, wie Gewebe aus einem Gehirn Abszess, oder verwenden Sie eine indirekte Prüfverfahren, wie Antikörper-Tests, die Diagnose zu stellen. Ein Beispiel in der Studie wurde West-NiL-virus-Infektion, die Häufig nicht identifiziert werden, durch die Sequenzierung der viralen genetischen Materialien, die in der spinalen Flüssigkeit, weil es kommt und geht so schnell.